Bruk av Liquid array diagnostics teknologien for å evaluere oral mikrobiota i en diagnostisk setting

Abstract

En balansert oral mikrobiota er viktig for å opprettholde oral og generell helse. Svekkelse av mikrobiell homeostase kan føre til en dysbiotisk tilstand i munnen. Det er blitt stadig mer anerkjent at oral mikrobiota har evnen til å gjenspeile kroppens generelle helsetilstand. Og i de siste årene har det vært en økt interesse rundt bruken av oral mikrobiota som et screening- og diagnostiseringsverktøy. Dette har ført til et behov for rimelige og tidseffektive deteksjonsmetoder som kan brukes for rutinemessig screening. Den nyutviklede teknologien Liquid array diagnostics (LAD) kan potensielt være nyttig i screening av oral mikrobiota. Hovedmålet med denne oppgaven var å validere om en LAD-basert test kan være anvendbar for oral mikrobiota screening.

For å oppnå dette ble først deteksjonsevnen til spesialdesignede probepar vurdert i separate LAD reaksjoner. Deretter ble LAD utført for å vurdere markeringsprobenes sekvensdesign. Probene ble så testet mot 63 forskjellige bakterieisolater, for å validere probenes ytelse i multiplekse reaksjoner. Til slutt ble en LAD-basert test utført med 66 spyttprøver fra friske mennesker. Hovedfunnet fra denne oppgaven er at orale bakterier ble suksessfullt detektert med en LAD-basert test. Funn fra samtlige LAD-forsøk viste at probenes ytelse var generelt bra og ga en suksessfull deteksjon av de fleste målbakteriene. Resultatene fra denne oppgaven virker lovende for fremtidig utvikling av et praktisk og informativt LAD-basert screeningsverktøy. Med denne oppgaven har vi synliggjort behovet for ytterligere forskning på bruk av LAD-teknologi for oral mikrobiotascreening.

A balanced oral microbiota is important for maintaining oral and general health. Disturbance of microbial homeostasis can lead to a dysbiotic condition in the mouth. It has become increasingly recognized that the oral microbiota has the ability to reflect the body's general state of health. And in recent years there has been an increased interest in the use of oral microbiota as a screening and diagnostic tool. This has led to a need for affordable and time-efficient detection methods that can be used for routine screening. The newly developed technology Liquid array diagnostics (LAD) could potentially be useful in screening oral microbiota. The main aim of this thesis was to validate whether an LAD-based test can be used for oral microbiota screening.

To achieve this, the detection ability of specially designed probe pairs was first assessed in separate LAD reactions. Next, LAD was performed to assess the labelling probes' sequence design. The probes were then tested against 63 different bacterial isolates, to validate the probes' performance in multiplex reactions. Finally, a LAD-based test was performed with 66 saliva samples from healthy people. The main finding from this thesis is that oral bacteria were successfully detected with an LAD-based test. Findings from the LAD experiments showed that the performance of the probes was generally good and provided a successful detection of most of the target bacteria. The findings from this thesis seem promising for the future development of a practical and informative LAD-based screening tool. With this thesis, we have highlighted the need for further research into the use of LAD technology for oral microbiota screening.