Mikrobiota analyser av spontant fermenterte surdeiger av moderne hvete og urkorn

Abstract

Surdeigsmikrobiota har i flere tiår blitt studert på grunn av sin kompleksitet og sine interessante interaksjoner mellom gjær og bakterier. I denne oppgaven ble mikrobiota i fire ulike spontant fermenterte surdeigskulturer studert ved Illumina Miseq totalsekvensering av 16S og ITS rRNA genet hos henholdsvis bakterier og gjær. Renkulturer fra surdeigene ble isolert og identifisert ved Sanger sekvensering. Surdeigskulturene ble laget på mel av moderne hvete, og urkornene spelt, emmer og einkorn og ble etablert under hjemmekjøkkenbetingelser. For å undersøke den mikrobielle sammensetningen og stabiliteten i surdeigene ble det gjennomført undersøkelser på åtte uttak gjort ukentlig over en periode på åtte uker og seks uttak tatt ut i et tidsintervall på 24 timer etter mating av surdeigskulturene.

The Sourdough microbiota has been studied for several decades due to its complexity and its interesting interaction between yeast and bacteria. In this thesis the microbiota of four different spontaneously fermented sourdoughs were studied with Illumina Miseq sequencing of the 16S- and ITS-rRNA genes of bacteria and yeast respectively. Pure cultures of bacteria and yeast were isolated from the sourdoughs and identified by Sanger sequencing. The sourdoughs were established in a home-kitchen environment, and four different types of flour were used: modern bread wheat, and the ancient wheat types spelt, emmer and einkorn. To investigate the stability in the sourdoughs over time, samples were taken from the sourdoughs once a week over the course of eight weeks, and six samples were later taken from the sourdough cultures over the course of 24 hours after feeding the cultures.