Vis enkel innførsel

dc.contributor.advisorØines, Øivind
dc.contributor.advisorMarkussen, Turhan
dc.contributor.authorRajagopal, Anojan
dc.date.accessioned2019-09-28T12:10:10Z
dc.date.available2019-09-28T12:10:10Z
dc.date.issued2019
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11250/2619215
dc.description.abstractThe poultry red mite, Dermanyssus gallinae, is a global problem in the egg-laying industry. This ectoparasite has a rapid rate of proliferation with a negative impact on the birds’ health, welfare and productivity resulting in severe economic consequences for poultry farmers. Our knowledge of the pathways of this parasite is largely dependent on the fact that we have effective genetic tools for infection detection. Up to now, mitochondrial cytochrome oxidase subunit 1 has been the most widely used fragment that has been investigated for poultry red mite, and we have shown that in Norway there are two haploid groups of poultry red mite (A16 & B9), which are the most common variants. In this thesis, we performed Nanopore MinION sequencing, for de novo assembly of the mitochondrial DNA of poultry red mite. In addition to the newly generated Nanopore reads, Illumina HiSeq-data from a previous project were used to complement it. Before doing Nanopore sequencing, DNA from the various haplotypes was amplified through the GenomiPhi kit. The MinION sequencing run generated data with some depth, but with high error rate as expected. A partial mitochondrial gene arrangement in Dermanyssus gallinae, with 8 out of possible 13 protein-encoding genes was determined. In addition, the order of the 6 genes found in the mitochondria, was determined.nb_NO
dc.description.abstractRød hønsemidd, Dermanyssus gallinae, er en av de aller viktigste parasittene knyttet til eggproduksjon i verden. Hvert år forårsaker midden et økonomisk tap hos eggprodusentene som bare i Europa er antatt å ligge på over 230 millioner euro. Når et hønsehus blir smittet av denne blodsugende midden, er det veldig vanskelig å behandle og bli kvitt den. Dette kan føre til vedvarende problemer i mange år. Vår kjennskap til denne parasittens smitteveier er i stor grad avhengig av at vi har effektive genetiske verktøy for smittesporing. Frem til nå er mtCO1 stort sett vært det mest brukte fragmentet som er blitt undersøkt for hønsemidd, og vi har vist i Norge at det er to haplogrupper av hønsemidd (A16 & B9), som er de mest vanlige variantene. I denne masteroppgaven ble det utført opplæring av standard metodikk for identifikasjon ved hjelp av molekylære verktøy, uttesting av ulike ekstraksjonsmetoder for å få fremskaffet mest mulig DNA fra enkelt midd, samt Nanopore MinION sekvensering sammen med undersøkelser av tilgjengelige sekvensdata fra tidligere Illumina HiSeq-data, i et forsøk på å sammenstille det mitokondrielle genomet fra rød hønsemidd. Før vi kjørte Nanopore sekvensering, ble DNA fra de ulike haplotypene amplifisert opp gjennom GenomiPhi. MinION sekvenseringen genererte et datasett med noe dybde, men med høy feilrate som forventet. Et delvis mitokondrielt genarrangement i Dermanyssus gallinae ble bestemt. Av de 13 proteinkodede genene, ble 8 gener funnet, og kun 6 gener ble bestemt ut i fra rekkefølgen i mitokondriet.nb_NO
dc.language.isoengnb_NO
dc.publisherNorwegian University of Life Sciences, Åsnb_NO
dc.rightsAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internasjonal*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/deed.no*
dc.titleCharacterization and genetic investigations of the mitochondrial DNA from poultry red mite Dermanyssus gallinaenb_NO
dc.typeMaster thesisnb_NO
dc.description.localcodeM-KBnb_NO


Tilhørende fil(er)

Thumbnail

Denne innførselen finnes i følgende samling(er)

Vis enkel innførsel

Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internasjonal
Med mindre annet er angitt, så er denne innførselen lisensiert som Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internasjonal