Using AutoDock Vina to dock the proteins TGF-α and EGF to oncoprotein Her2.

Abstract

Her2 er et transmembrant reseptor protein, som er en del av det cellulære signaliseringssystemet ansvarlig for blant annet celledeling. Her2 er kjent for å være overekspressert i flere forskjellige typer kreft og er delaktig i utviklingen av sykdommen. Selv om Her2 er et reseptor protein, har det ingen kjente ligander. Resultater fra et forsøk med Her2 og de to Her1 ligandene TGF-α og EGF, indikerte at en eller begge av disse hadde mulighet for binding til Her2. Det ble derfor satt i gang forsøk hvor bindingsmulighetene mellom Her2 og TGF-α/EGF ble utforsket via In Silico metoden Molecular Docking. Programmet AutoDock Vina ble brukt til å utføre molecular docking og mange områder av Her2 proteinet ble gjennomsøkt for binding til de to ligandene. Det ble funnet flere bindinger mellom både TGF-α og Her2 samt EGF og Her2. De resulterende strukturene av de to ligandene docket til Her2 ble videre undersøkt. Basert på strukturene fra AutoDock Vina og annen data fra docking programmet, ble det funnet at binding mellom TGF-α/EGF og Her2 er en definitiv mulighet.

The receptor protein Her2 is involved in signaling important for cell proliferation and is also known for its involvement in several types of cancer. Even though Her2 is considered a Receptor Tyrosine Kinase, there are currently no known ligands for Her2. Results from experiments involving Her2 and known Her1 ligands TGF-α and EGF, indicates that a binding may take place between one or both of the ligands and Her2. To investigate this, there were done several In Silico docking experiments between the two ligands and the receptor protein. The docking experiments were done using the molecular docking program AutoDock Vina. The docking experiments were successful and there were found four successful bindings, between Her2 and TGF-α/EGF. All of the different docked structures were evaluated based on the binding affinity and the structures themselves. Based on the different results from the Molecular Docking experiments there can be concluded that there are definitive possibilities of bindings between Her2 and TGF-α or EGF.