• norsk
    • English
  • English 
    • norsk
    • English
  • Login
View Item 
  •   Home
  • Norges miljø- og biovitenskapelige universitet
  • Faculty of Chemistry, Biotechnology and Food Science (KBM)
  • Master's theses (KBM)
  • View Item
  •   Home
  • Norges miljø- og biovitenskapelige universitet
  • Faculty of Chemistry, Biotechnology and Food Science (KBM)
  • Master's theses (KBM)
  • View Item
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

Interaksjoner mellom kitooligosakkarider og kitinase B fra Serratia marcescens studert ved overflateplasmonresonans og isotermisk titreringskalorimetri.

Skånøy, Lisbeth
Master thesis
Thumbnail
View/Open
Lisbeth Skånøy 967886.pdf (4.982Mb)
URI
http://hdl.handle.net/11250/186305
Date
2010-10-29
Metadata
Show full item record
Collections
  • Master's theses (KBM) [742]
Abstract
Hovedmålet i dette studiet var å sammenligne bruk av isotermisk titreringskalorimetri (ITC)

og overflateplasmonresonans (SPR) ved bindingsstudier mellom KitinaseB(ChiB) og

kitooligosakkarider (KOS) av ulik lengde. Det ble utført forsøk med N-acetyl-D-glukosamin

((GlcNAc)3, (GlcNAc)4 og (GlcNAc)6) med ChiB-E144Q på Biacore. Det ble brukt to ulike

immobiliseringsmetoder av proteinet. De samme KOS ble også studert på ITC ved 18 °C.

Begge immobiliseringsmetodene ga samsvarende resultater med resultatene fra ITC. Det var

derfor mulig å kombinere informasjonen fra ITC og SPR til å gi et bilde av interaksjonene

mellom protein og ligand.

Resultatene fra SPR tyder på at assosiasjonsraten, ka, øker med økende substratlengde. Dette

er som forventet, da lengre substrater har flere gunstige interaksjoner med enzymet. Det ser ut

til at dissosiasjonsraten, kd, er uavhengig av substratlengden. Dette kan skyldes at dissosiasjon

av uspaltede oligomere domineres av det som skjer i -2 til +1 subsetene.

Neste mål var å kartlegge bindingsenergiene i de ulike subsetene hos ChiB. Ved å kombinere

resultatene fra denne studien med tidligere resultater for (GlcNAc)5 og ChiB-E144Q (Norberg

et al. 2010), var det mulig å beregne de ulike bindingsenergiene. Endringen i Gibbs fri energi

(ΔG) ble funnet til å være -0,2 kJ/mol, -22,8 kJ/mol, -8,0kJ/mol, -3,9 kJ/mol og -0,9 kJ/mol

for henholdsvis subsetene -3, (-2, -1 og +1), +2, +3 og ”+4”. Binding til subsetene -2, -1 og

+1 er hovedsakelig entalpisk drevet, mens binding i subsetene +2 og +3 er sterkt entropisk

drevet. VI

Abstract

The aim of this study was to compare the use of Isotermal Titration Calorimetry (ITC) and

Surface Plasmon Resonance (SPR) to do binding studies between Chitinase B (ChiB) and

chitooligosaccharides (CHOS) of different length. Experiments were performed with Nacetyl-

D-glucosamine ((GlcNAc)3, (GlcNAc)4 and (GlcNAc)6) with ChiB-E144Q on Biacore.

Two different methods of protein immobilization were used. The same CHOS were also

studied on ITC, at 18 °C. Both methods of immobilization gave good correspondence with the

results from ITC. This allows a combined interpretation of the data, giving a picture of

substrate binding in ChiB.

The results from SPR indicate that the association rate, ka, increases with increasing substrate

length. This is expected - as longer substrates have more favorable interactions with the

protein. It looks like the dissociation rate, kd, is independent of the substrate length. The only

way to explain this is that dissociation of the non-cleaved oligomers is dominated by what

takes place in the -2 to +1 subsites.

The next aim was to describe the binding energies in the individual subsites in ChiB. By

combining results from this study with previously observed results for (GlcNAc)5 (Norberg et

al. 2010), it was possible to calculate the binding energies. The change in Gibbs free energy

(ΔG) was found to be -0.2 kJ/mol, -22.8 kJ/mol, -8.0kJ/mol, -3.9 kJ/mol and -0.9 kJ/mol for

the subsites -3, (-2, -1 and +1), +2, +3 and ”+4”, respectively. Binding in the subsites -2, -1

and +1 are driven by enthalpy, whereas the binding in subsites +2 and +3 are driven by

entropy.

Contact Us | Send Feedback

Privacy policy
DSpace software copyright © 2002-2019  DuraSpace

Service from  Unit
 

 

Browse

ArchiveCommunities & CollectionsBy Issue DateAuthorsTitlesSubjectsDocument TypesJournalsThis CollectionBy Issue DateAuthorsTitlesSubjectsDocument TypesJournals

My Account

Login

Statistics

View Usage Statistics

Contact Us | Send Feedback

Privacy policy
DSpace software copyright © 2002-2019  DuraSpace

Service from  Unit