Predikerte avlsverdier for egenskaper på det Norske Landsvinet funnet ved bruk av prinsipal komponent analyse

Abstract

Avlsarbeidet til det Norske Landsvinet blir driftet av Norsvin. I dag er det 27 egenskaper med i avlsmålet, men det brukes 49 egenskaper når en beregner avlsverdier. Disse egenskapene blir delt inn i grupper hvor det blir beregnet varianser og avlsverdier på en gruppe av egenskaper om gangen. Dette gjør at kovariansene mellom gruppene blir 0. Det er derfor behov for en metode som kan nyttiggjøre seg av alle egenskapene Norsvin har, og som samtidig kan beregne varianskomponenter og avlsverdier på et stort antall egenskaper i en utregning. Formålet med denne oppgaven var å bruke data fra Norsvin til å gjennomføre en prinsipalkomponent analyse på et utvalg av egenskaper registrert på Landsvin. Et mål var å utnytte prinsipalkomponentene som har egenverdi høyere enn 1,0 til å beregne varianser og avlsverdier i DMU, for så å tilbakekonvertere de til opprinnelig skala. Et annet mål var å sammenligne disse nye avlsverdiene med tilsvarende avlsverdier regnet ut med samme gruppering som det Norsvin bruker i dag, på samme data.

Norsvin runs the breeding program of the Norwegian Landrace. As of today, they use 49 traits when breeding values are predicted, but only 27 of these are used for breeding goals. The traits are divided into groups, where each group separately are used to estimate variances and breeding values. The covariances between the groups are therefore 0. Because of this, there is a need for a method which can make use of all the traits Norsvin has data on, while also being able to estimate variance components and breeding values on a larger number of traits. The purpose of this thesis was to use data from Norsvin to run a principal component analysis on a selection of traits, registered on the Landrace. One goal was to use the calculated principal components which had an eigenvalue above 1.0, to estimate variances and breeding values in DMU, before converting them back to the original scale. A second goal was to compare these new values with equivalent breeding values, which was calculated using the same data, and the same grouping that Norsvin currently uses.