dc.contributor.advisor | Klemetsdal, Gunnar | |
dc.contributor.advisor | Woolliams, John A. | |
dc.contributor.advisor | Våge, Dag Inge | |
dc.contributor.advisor | Meuwissen, Theo H. E. | |
dc.contributor.author | Hillestad, Borghild | |
dc.date.accessioned | 2017-11-30T13:39:09Z | |
dc.date.available | 2017-11-30T13:39:09Z | |
dc.date.issued | 2017-11-30 | |
dc.identifier.isbn | 978-82-575-1287-3 | |
dc.identifier.issn | 1894-6402 | |
dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11250/2468665 | |
dc.description.abstract | The main aim of this PhD was to study long homozygote segments present in the genome in Norwegian Red, and find genomic options to measure inbreeding more accurately than from a pedigree database. Prior to the study, runs of homozygosity (ROH) was indicated to be a measure utilizing chromosomal regions identical by descent, thus a good genomic substitute to pedigree. Two dataset were exploited: (1) 384 bulls genotyped with the Illumina HD-panel containing 777K SNP-markers, and (2) 3,289 bulls genotyped with a 54K Illumina BeadChip and/or 25K Affymetrix, with imputations both ways if needed. The pedigree of these two datasets extended as far back as 1875. | nb_NO |
dc.description.abstract | Hovedformålet med denne doktorgraden var å studere lange homozygote segmenter i genomet hos NRF, og å finne genomiske metoder som kan måle innavl mer nøyaktig enn ved bruk av slektskapsdatabase. I utgangspunktet var «runs of homozygosity» (ROH) valgt som en egnet og interessant metode for denne studien, fordi den var antatt å oppnå nøyaktige anslag. ROH ble angitt for å være et mål som på lik linje med slektskapsdatabaser utnyttet homosygositet nedarvet fra samme opphav, og dermed en god genomisk erstatning for slektskapsdatabasen. To datasett ble gransket: (1) 384 okser genotypet med Illumina HD-panelet som inneholder 777K SNP-markører, og (2) 3,289 okser genotypet med en 54K Illumina BeadChip og/eller en 25K Affymetrix, med imputering begge veier ved behov. Slektskapsdatabasen til disse to datasettene strakk seg så langt tilbake som til 1875. | nb_NO |
dc.language.iso | eng | nb_NO |
dc.publisher | Norwegian University of Life Sciences, Ås | |
dc.relation.ispartofseries | PhD Thesis;2015:41 | |
dc.title | Inbreeding determined by the amount of homozygous regions in the genome | nb_NO |
dc.title.alternative | Innavl bestemt av mengden homozygoti i genomet | nb_NO |
dc.type | Doctoral thesis | nb_NO |
dc.source.pagenumber | 130 | nb_NO |