Genetic diversity in five chicken lines from the Norwegian live poultry gene bank

Abstract

Since 1995, there has been no active breeding of commercial egg layers in Norway. The last active breeding lines, as well as other breeds of conservation value are conserved in the Norwegian live poultry gene bank. The aim of this study was to evaluate genetic diversity within and between five of the Norwegian lines as well as the genetic uniqueness in an international context. Included in the study is four of the last active breeding lines as well as the national Norwegian landrace, Jærhøns. The five lines were genotyped with the Affymetrix® Axiom® Chicken Genotyping Array. Genomic relationships within and between the five lines were estimated from 468 973 SNP markers. The observed heterozygosity ranged from 0.32 in Jærhøns to 0.40 in NorBrid 8, the only brown egg layer in the study. Comparative analyses were carried out with 70 other populations of different origins to assess conservation value in an international context. The Norwegian lines were ranked according to their relative contributions to genetic diversity. Losses in genetic diversity ranged from 0.17 to 2.84 % when one of the Norwegian lines were lost relative to the entire set of 75 lines. Both analyses indicate higher genetic diversity in the brown egglayer. Lower genetic diversity estimates for white egg layers than for brown egg layers is in agreement with other studies.

Siden 1995 har det ikke vært aktivt avlsarbeid på verpehøner i Norge. De siste aktive linjene er bevart på den levende genbanken for fjørfe på Hvam sammen med andre bevaringsverdige raser. Målet med dette studiet var å kartlegge genetisk diversitet innen og mellom fem av de norske linjene I tillegg til å kvantifisere deres eventuelle genetiske unikhet i et internasjonalt perspektiv. De fem linjene i studiet består av fire tidligere aktive verpehønslinjer og etterkommeren av den tidligere landhøna, Jærhøns. De fem linjene ble genotypet med SNP-chipen Affymetrix® Axiom® Chicken Genotyping Array. Genomisk slektskap innen og mellom de fem linjene ble estimert basert på 468 973 SNP markører. Observert heterosygositet lå mellom 0.32 for Jærhøns og 0.40 for NorBrid 8, den eneste brune egg leggeren i studiet. De norske linjene ble sammenlignet med 70 andre raser av ulik internasjonal opprinnelse. For å kvantifisere bevaringsverdi ble de norske linjene rangert etter relative bidrag til genetisk diversitet. Estimerte tap av genetisk diversitet dersom en norsk linje gikk tapt lå mellom 0.17 og 2.84 % relativt til det fulle settet med 75 linjer. Begge analysene indikerer høyere grad av genetisk diversitet i NorBrid 8, som verper brune egg. Lavere genetisk diversitet i linjer som verper hvite egg enn i linjer som verper brune egg er i samsvar med andre studier.