Genetisk variasjon og fargegenetikk hos fjordhest

Abstract

Hensikten med denne oppgaven var å beregne innavl for dagens fjordhestpopulasjon. Populasjonen i Norge er ikke stor, og det har vært en trend i lave bedekningstall og lavt antall fødte føll de siste årene. Datasettet brukt er mottatt fra Norsk Hestesenter i 2016, og er basert på 23 866 individer. Effektiv populasjonsstørrelse (Ne) ble beregnet gjennom to ulike metoder. Metode 1 er basert på slektskapsinformasjon i en referansepopulasjon med hester født 2010-2015 (N=823) og gir et bilde av genetisk variasjon i populasjonen basert på informasjon om de siste års seleksjonsavgjørelser. Metode 2 beregner Ne basert på log-regresjon av fødselsår av referansepopulasjonen inkludert aner (N=4389), og gir en oversikt over populasjonen over tid. Effektiv populasjonsstørrelse beregnet med de to metodene ga ulike resultat med Ne=121 for metode 1 og Ne=85 for metode 2. Metode 1 påvirkes i større grad av de seinere års import av utenlandske fjordhester, som tilfører populasjonen genetisk variasjon. Metode 2, som beregner ΔF ved hjelp av et gjennomsnitt over tid, viser et noe lavere effektivt antall. Beregningene viser at fjordhesten mest sannsynlig har genetisk variasjon tilsvarende effektiv populasjonsstørrelse under 100, som er det anbefalte nivået, men at de siste års importer har tilført populasjonen genetisk variasjon som gir muligheter for videre forvaltning av populasjonen. Dette krever imidlertid god oversikt over slektskapsstrukturen når framtidige seleksjonsavgjørelser skal tas, og at det legges til rette for et langsiktig avlsarbeid. Ut fra DNA-analyser på fjordhest gjort i forbindelse med et prosjekt ved NMBU, har det i denne oppgave blitt gjort en GWAS-analyse (Genome- wide association studies) for å se om det er noe sammenheng mellom genotyper og fenotyper. Fenotypene i utvalget har vært de 5 godkjente fargene hos fjordhesten; brunblakk, gråblakk, ulsblakk, rødblakk og gulblakk, samt en analyse av avtegn. Det vises klare assosiasjoner for SNP-markører for gråblakke, rødblakke og ulsblakke hester. Det er ikke tydelige treff for gulblakke hester, noe som kan skyldes at det var et lite utvalg av hester som ble analysert (N=2). Analysene for avtegn gir utslag for SNP-markører, men dette krever grundigere studier. Kunnskap om fargegenetikk kan være viktig i framtidas forvaltning av rasene, da dette er av høy forbrukerinteresse. I en rase med utfordringer knyttet til genetisk variasjon, er kunnskap viktig for å ivareta en sunn og bærekraftig avl ettersom etterspørselen etter enkelte farger i perioder øker kraftig.

The purpose of this thesis was to calculate inbreeding parameters for the Fjord Horse population. The Norwegian population is small and there has been a trend in low cover numbers and low numbers of foals born per year recently. The data set used was received from the Norwegian Horse Centre in 2016 and is based on 23 866 individuals. Effective population size (Ne) was calculated through two different methods. Method 1 is based on family information in a reference population with horses born 2010-2015 (N=823) and provides a picture of genetic variation in the population based on information about the last year's selection decisions. Method 2 calculates Ne based on log regression of birth year of the reference population including ancestors (N=4389), and gives an overview of the population over time. Effective population size calculated using the two methods gave different results with Ne=121 for Method 1 and Ne=85 for Method 2.