| dc.description.abstract | På grunn av deres kvantitative og kvalitative effekter på melkeproduksjonen og melkekomponenter, har kaseinloci vært og vil fortsatt være gjenstand for intens forskning. Vårt arbeid var også ment å studere haplotypestrukturer og –diversitet og additive og dominante effekter av kasein-SNPer og haplotyper på melkeproduksjonstrekk i norske geiter
og deres franske alpinkryssinger (kryssinger). Vår analyse brukte 376 geiter (216 norske geiter og 160 kryssinger) som har fenotypiske registreringer på test dagen av melkeproduksjonen og genotypedata slik at en kunne beregne faste additive- og dominanseffekter av SNPer og haplotyper på studerte trekk. Analyse av koplingsulikevekt (LD) og
haplotypekonstruksjon ble gjort med 38 SNP markører i alle kaseinloci for de to
geitepopulasjoner. Våre resultater viste at det er omfattende koplingsulikevekt, spesielt for S1- og -kasein, men LD er relativt svak for kryssingene. Omfanget av LD varierer fra null til fullstendig mellom loci. Kopling innen locus var sterkere enn på tvers av loci. På grunn av omfattende LD var antallet plausible konstruerte haplotyper langt mindre enn forventet antall. Mangfoldet av plausible haplotyper er høyt for kryssingene særlig for - og -kasein. Derfor ble mer tagger-SNPer observert i kryssingene. Våre resultater fra analyse av SNPhaplotypenes
additive- og dominans- fast effekt og av effektene av hele kaseinloci og
individuelle kaseingener viste signifikante effekt på melkeproduksjonen og dens komponenter bortsett fra laktoseprosent. Derfor kan denne genetiske variasjonen blant haplotypene brukes i det genetiske forbedringsprogrammet for norske geiter gjennom haplotypeassistert seleksjon.
Vi fant også signifikant effekt av noen kasein-SNPer på melkeproduksjonsegenskaper, spesielt for S2- og -kasein. Denne SNP-effekten er imidlertid lokalisert innenfor et segment
av tilstøtende SNPer innen ett locus. SNP 14 delesjon (D) i exon12 i S1-kasein har betydelig additiv genetisk effekt på FFA og urea-innholdet i melk og det er en betydelig dominans effekt av AD-genotypen på SCC. Analysen av vårt materiale viste at frekvensen av D-allelet er redusert til 0,66, noe som viser at seleksjonsprogrammet virker mot dette allelet. Blant de
studerte egenskaper hadde de norske geitene og kryssingene betydelige forskjeller bare for laktoseprosent. Men kryssingene er like gode som de norske geitene for resten av egenskapene, - noe som viser betydningen av dette kryssingsprogrammet utover det å skape
genetisk variasjon. Derfor ville sammenlignende studier på renrasenivå være et alternativ for å dokumentere hvorvidt denne forskjellen skyldes heteroseeffekt eller skyldes reelle genetiske
forskjeller mellon rasane. Due to their quantitative and qualitative implications on milk yield and its component traits,
casein loci have been and would remain the subject of intense research. Our work was also intended to resolve haplotype structures and diversity, and to study the additive and dominance effects of casein SNPs and SNP haplotypes on milk production traits in the Norwegian goats and their French Alpine crosses (crosses). Our analysis used 376 does (216
Norwegian goats and 160 crosses) that have phenotypic records on test day milk yield and genotype data. Linkage disequilibrium (LD) resolution and haplotype construction were done
using 38 SNP markers detected in the entire casein loci block of the two goat populations.
Our result showed that, there was extensive LD, especially for S1- and -casein loci; however, the LD is relatively weak in the crosses. The extent of LD varies across the casein loci segment from nearly zero to almost complete LD. The intra-locus LD was stronger than
the LD found for inter-loci. Due to extensive LD, the numbers of plausible haplotypes
constructed were by far less than what were expected. The diversity of plausible haplotypes is high for the crosses especially for - and -casein. Therefore, more tagger SNPs were detected for the crosses. Our results from SNP halpotypes additive and dominance fixed effect analysis of the entire casein loci and of the individual casein genes showed significant effect on studied milk production traits except lactose percentage. Therefore, this genetic variation observed among haplotypes can be used in the genetic improvement program of Norwegian goats through haplotype assisted selection. We also found significant effect of some casein SNPs on milk production traits, especially for S2- and -casein SNPs. The SNP effect is,
however, localized within a segment of adjacent SNPs even at locus level. SNP 14 deletion (D) of exon12 in S1-casein has significant additive genetic effect on FFA and urea content of the milk and a significant dominance effect of AD genotype on SCC. Our analysis showed that the frequency of D allele for Norwegian goats has reduced to 0.66, which showed that the
selection program is against this allele. Among studied traits, the Norwegian goats and the crosses significantly differ for lactose percentage only. However, the crosses were as good as the Norwegian goats in the rest of the traits, which indicates the importance of this
crossbreeding program beyond creating genetic variation. Therefore, comparative study at pure breed level would be a plausible option to substantiate whether this difference is due to heterotic effect or real genetic difference between breeds. | en_US |
