Review of CRISPR-assosiated proteins, their functions and patent situations
Master thesis
Submitted version
![Thumbnail](/nmbu-xmlui/bitstream/handle/11250/2619211/fonarev2019.pdf.jpg?sequence=5&isAllowed=y)
View/ Open
Date
2019Metadata
Show full item recordCollections
- Master's theses (IPV) [240]
Abstract
CRISPR-Cas (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) systems are a new revolutionary gene editing tool. CRISPR-Cas was originally discovered as a defense mechanism in bacteria and archaea. CRISPR has quickly become a preferred tool for genome editing applications over the course of last few years thanks to the ease of design and use of programmable nuclease enzymes, both in vivo and in vitro.
Even though CRISPR nuclease Cas9 is the most used gene editing tool in CRISPR-Cas systems, other CRISPR-Cas proteins remain largely unexplored. The CRISPR-Cas9 “hype” has until recently left other Cas proteins in the shadow of the complex. That, and other aspects such as patent situation around Cas9 has brought researchers attention to studying and analyzing of other Cas-proteins in search for improvements and analogs of CRISPR-Cas9.
There has been some confusion around CRISPR-Cas proteins for some time, due to absence of classification and nomenclature system for CRIPR-Cas systems. Non-coordinated researches resulted in a quick growth of discovered CRISPR-Cas proteins, but a number of them were homologues denoted under more than one name. There have been several attempts on achieving a classification system for the Cas-proteins in order to maintain this quickly growing field in genome editing tools.
This thesis aims to make a simple overview of functions and patent situation around known CRISPR-Cas proteins, as well as analyzing alternatives to the widely used CRISPR-Cas9 complex for genome editing purposes. CRISPR-Cas (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) er en ny revolusjonerende metode innen genredigering. CRISPR-Cas, opprinnelig oppdaget som et forsvarsmekanisme i bakterier og archaea ble fort et foretrukket verktøy for en rekke bruksområder innen genteknologi, mye takket være enkel design og bruk av programmerbare nukleaseenzymer, både in vitro og in vivo.
Siden CRISPR nuklease Cas9 er det mest brukte genredigeringsverktøyet innen CRISPR-Cas systemer, er andre CRISPR-Cas proteiner fortsatt i stor grad uutforsket. CRISPR-Cas9 «hype» har inntil nylig satt andre Cas-proteiner i skyggen av komplekset. Det, og andre aspekter som patentsituasjonen rundt Cas9 har brakt forskernes oppmerksomhet til å studere og analysere andre Cas-proteiner, på jakt etter forbedringer og analoger til CRISPR-Cas9.
Det har lenge vært en del forvirring rundt CRISPR-Cas-proteiner over lang tid, i stor grad grunnet mangel av en felles klassifiseringssystem og nomenklatur for CRISPR-Cas systemer. Ikke koordinert forskning har ført til en økning av oppdagete CRISPR-Cas proteiner, men mange av disse var homologe proteiner ført inn under ulike navn. Det har vært flere forsøk på å oppnå et klassifikasjonssystem for Cas-proteiner for å opprettholde dette raskt voksende feltet i genredigeringsverktøy.
Denne masteroppgaven har som formål å sette sammen en enkel oversikt over funksjoner og patentsituasjon rundt kjente CRISPR-Cas proteiner, samt utføre en analyse av Cas systemer for å identifisere mulige alternativer til det mye brukte CRISPR-Cas9 komplekset som kan brukes til genredigering.