Analysis of viable Lactococcus community in Norvegia cheese during ripening during cheese making and ripening

Abstract

The goal of this project was to investigate the microbial community in cheese and how it evolved throughout ripening. The Lactococcus community of cheese made with the two different starter cultures C10 and C07 were analysed and compared using propidium monoazide staining and amplicon sequencing. Several possible relationships were uncovered, but the most significant being the effect of successive cheese batches in a single cheese-vat without proper cleaning significantly changed the relative abundance several Latcococcus lactis subsp. lactis strains compared to that of the utilised bulk starter culture. The combination of PMA staining and amplicon sequencing using the high-resolution epsD gene primer was indeed shown to be an effective method to investigate a community at the strain level. Though limiting factors for full microbiota analysis is its specificity to only Lactococcus, meaning that especially Leuconostoc were not represented in the results, and the softcore nature of the epsD gene meaning it possibly not being present in all strains in this project.

Målet med dette prosjektet var å undersøke det mikrobielle samfunnet i ost, og hvordan dette utviklet seg under modning. Summen av Lactococcus funnet i ost laget med de to forskjellige starterkulturene C10 og C07 ble analysert og sammenlignet ved hjelp av propidium monoazid og amplikon sekvensiering. Flere sammenhenger ble avdekket i analysen, men det mest signifikante funnet var forskjellen i Lactococcus-balansen i ost produsert på samme ystekar uten grunding mellomvask. Balansen mellom flere Lactococcus lactis subsp. lactis varianter ble kraftig forskjøvet fra balansen funnet i bruksyren tatt i bruk under ysting. Kombinasjonen av PMAbehandling og amplikon-sekvensiering sammen med den høyoppløste primeren for epsD genet har vist seg å være en effektiv metode å undersøke Lactococcussammensetningen på variantnivå. En begrensning med metoden var at bare Lactococcus ble amplifisert med den valgte primeren, som førte til at Leuconostoc ikke ble representert i resultatene, og at det valgte genet ikke nødvendigvis var tilstede i alle Lactococcus variantene forsøket.