Show simple item record

dc.contributor.advisorPope, Philip B.
dc.contributor.advisorHagen, Live Heldal
dc.contributor.advisorSandve, Simen
dc.contributor.authorJohannessen, Tina
dc.date.accessioned2021-01-18T14:40:33Z
dc.date.available2021-01-18T14:40:33Z
dc.date.issued2020
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/11250/2723540
dc.description.abstractFor billions of years, microorganisms were the sole inhabitants of planet Earth. As major drivers behind many essential geochemical cycles such as the carbon cycle, microbial communities are integral to the continued support of life on Earth and are found in everywhere from the deep seas to our own bodies. In 1977, Frederick Sanger introduced a new method for determining the nucleotide sequences of DNA by chain-terminating inhibitors. This method later become known as Sanger sequencing and would go on to dominate the field for the next 30 or so years. In the mid-2000s, the development of high-throughput sequencing technology led to a revolution in microbial ecology. Often referred to as next-generation sequencing, these technologies were capable of generating tremendous amounts of data at much lower costs per sequenced base than traditional sequencing. This technology, however, rarely produces sequences above a few hundred bases in length, and thus genomes have to be reconstructed by piecing the small fragments back together like a jigsaw puzzle. As most genomes contain many repetitive regions of varying lengths, this reconstruction called assembly often cannot fully reconstruct the original genome due to the inability of short reads to resolve repeated sequences, and in response to this a third generation of sequencing is now on the rise, promising read lengths measured in kilobases and real-time output. Continued improvements in sequencing technologies has allowed researches to study the function and structure of microbial communities in great detail. Through metagenomics, a culture-independent technique that directly investigates the DNA isolated from an environmental sample, the study of hard to cultivate species from a host of high-interest niches is now possible.en_US
dc.description.abstractI milliarder av år var mikroorganismer de eneste beboerne på planeten. Som viktige drivere bak mange geokjemiske sykluser slik som karbonsyklusen, er mikrobielle samfunn helt essensielle for fortsatt liv på jorda og er å finne overalt, fra havdyp til våre egne kropper. I 1977 introduserte Frederick Sanger en ny metode for å sekvensere DNA ved hjelp av kjedeterminerende inhibitorer. Denne metoden ble senere kjent som Sanger sekvensering, og ville fortsette å dominere sitt felt i de neste 30 årene. På midten av 2000-tallet førte utviklingen av sekvenseringsteknologi med høy gjennomstrømning til en revolusjon i mikrobiell økologi. Disse teknologiene, ofte kalt neste generasjons sekvensering, var i stand til a generere enorme mengder med data til mye lavere pris per sekvenserte base en tradisjonelle metoder. Teknologien produserer sjelden sekvenser lenger enn et par hundre baser i lengde, og derfor måtte genomer rekonstrueres fra små biter som i et puslespill. Siden de fleste genomer inneholder repetitive sekvenser av varierende lengde, byr dette på problemer i monteringen («assembly») av genomer, siden de korte sekvensene ikke klarer å løse opp i disse. Som svar på dette er det nå en tredje generasjon av sekvensseringsteknologier som begynner å gjøre seg kjent, som lover lengre sekvenser, målt i kilobaser og sanntidsdata. Fortsatt utvikling av sekvenseringsteknologi har tillatt forskere å studere funksjon og struktur hos mikrobielle samfunn i detalj. Gjennom metagenomikk, en kultur-uavhengig metode som direkte undersøker DNA fra en miljøprøve har nå tidligere ukultiverbare arter fra en rekke nisjer av høy interesse blitt mulig.en_US
dc.language.isoengen_US
dc.publisherNorwegian University of Life Sciences, Åsen_US
dc.rightsAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internasjonal*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/deed.no*
dc.titleExploring current practices and the potentials of Nanopore sequencing in metagenomicsen_US
dc.typeMaster thesisen_US
dc.source.pagenumber71en_US
dc.description.localcodeM-LUNen_US


Files in this item

Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internasjonal
Except where otherwise noted, this item's license is described as Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internasjonal