Vis enkel innførsel

dc.contributor.advisorRudi, Knut
dc.contributor.advisorHiseni, Pranvera
dc.contributor.advisorWilson, Robert Ch.
dc.contributor.authorJohansen, Fredrik
dc.coverage.spatialNorwayen_US
dc.date.accessioned2020-10-09T11:17:43Z
dc.date.available2020-10-09T11:17:43Z
dc.date.issued2020
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/11250/2681996
dc.description.abstractThis study is based upon previous observations of DNA polymerase stabilizing DNA duplexes. With the presence of DNA duplexes and DNA polymerases in many experimental methods in modern biotechnology, it is important to gain knowledge about the interactions between them. In order to acquire this knowledge, several DNA duplexes have been investigated. These DNA duplexes were designed to have different structures, in order to understand what factors might influence the stabilization provided by DNA polymerase. These alterations were made in order to gain information that can further test the hypothesis that DNA polymerase can stabilize DNA duplexes. The duplexes used in these experiments had three different sequences, as well as three alterations made to them. Including mismatches positioned in different locations on the sequence, a length difference between the strands, and replacing the 3’-hydroxyl on the recessed primer strand with a 3’-phosphate group. The DNA duplexes were put through a melting curve analysis in a qPCR machine, using EvaGreen® as an intercalating agent, to find the melting temperature (Tm) of the different probes, with and without active DNA polymerase. The theoretical Tm was also calculated utilizing an online prediction tool for comparison. These experiments were performed with two different DNA polymerases, which provided insights into how their stabilization effect may change under different circumstances. In all the experiments, duplexes incubated with FIREpol® showed a slightly higher Tm than those with HOT TERMIpol®. If the primer strand was shorter than the template strand, a Tm shift was observed. The duplexes with a mismatch also had a change in the stability of the duplexes. When comparing the observed and predicted Tms of the DNA duplex, it was detected that the further away the mismatch was from the 3’ end of the recessed nucleotide, the greater the difference between the theoretical Tm and the observed Tm. DNA polymerase did not stabilize duplexes where the 3’-hydroxyl group was replaced by a 3’-phosphate group on the recessed primer strand. The results achieved in this study demonstrates that DNA polymerase can have a stabilizing effect on DNA duplexes.en_US
dc.description.abstractDenne studien er basert på tidligere observasjoner av DNA duplekser som blir stabilisert av en DNA polymerase. Med tilstedeværelsen av både DNA polymerase og DNA duplekser i mange moderne eksperimentale metoder, er det viktig å ha kunnskap om interaksjonene mellom dem. Hvis disse interaksjonene er ukjent, kan det lede til mistolkning av resultater oppnådd av eksperimentet. For å finne denne informasjonen har det blitt gjort eksperimentelle forsøk på ulike DNA duplekser. Ulike duplekser ble designet for å oppnå kunnskap om faktorer som kan ha betydning for den stabiliserende effekten fra DNA polymerase. DNAet som har blitt forsket på har tre ulike sekvenser, i tillegg til tre modifikasjoner. Modifikasjonene var, mismatcher på DNA duplekset, lengdeforskjell mellom DNA trådene, og noen duplekser hadde en 3’-fosfatgruppe i stedet for en 3’-hydroksylgruppe på primertråden. DNAet ble analysert i en smeltekurveanalyse i et qPCR instrument, med EvaGreen® som fargestoff. Dette ble gjort for å finne smeltepunktet for de ulike DNA dupleksene, både med, og uten aktiv DNA polymerase. De forventede smeltepunktene ble også kalkulert ved hjelp av et dataprogram. Eksperimentene ble utført med to ulike DNA polymeraser, for å teste om den stabiliserende effekten var avhengig av typen polymerase. Disse polymerasene var HOT TERMIpol® DNA polymerase og FIREpol® DNA polymerase, og det viste seg at duplekser med FIREpol® hadde litt høyere smeltepunkt enn dupleksene behandlet med HOT TERMIpol®. DNA duplekser med lengdeforskjell viste et stort skift i smeltepunkt. Det viste seg også at mismatcher påvirket DNA polymerase sin stabilisering av duplekset. Om mismatchen var posisjonert langt unna 3’ enden på den korteste tråden, økte den stabiliserende effekten, om den var posisjonert nære enden var den stabiliserende effekten lavere. Når DNA duplekset hadde en 3’-fosfatgruppe i stedet for en 3’-hydroksylgruppe ble det ikke observert noe stabiliserende effekt fra DNA polymerase. Resultatene presentert i denne studien demonstrerer at DNA polymerase kan ha en stabiliserende effekt på DNA duplekser.en_US
dc.language.isoengen_US
dc.publisherNorwegian University of Life Sciences, Åsen_US
dc.rightsAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internasjonal*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/deed.no*
dc.titleThe stabilization effect of DNA polymerase on DNA duplexesen_US
dc.typeMaster thesisen_US
dc.source.pagenumber72en_US
dc.description.localcodeM-KBen_US


Tilhørende fil(er)

Thumbnail

Denne innførselen finnes i følgende samling(er)

Vis enkel innførsel

Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internasjonal
Med mindre annet er angitt, så er denne innførselen lisensiert som Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internasjonal