Vis enkel innførsel

dc.contributor.advisorJonassen, Christine M.
dc.contributor.advisorChristiansen, Irene Kraus
dc.contributor.advisorAmbur, Ole Hernan
dc.contributor.advisorRounge, Trine
dc.contributor.authorTourniaire, William Nicholas
dc.coverage.spatialNorwaynb_NO
dc.date.accessioned2019-06-20T11:06:36Z
dc.date.available2019-06-20T11:06:36Z
dc.date.issued2019
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11250/2601528
dc.description.abstractHuman papillomavirus (HPV) has been well established as a carcinogen in human epithelial cancers; especially in the uterin cervix. Head and neck cancers (HNC) are increasing worldwide despite global reduction in smoking. The increase of HNCs has been linked to the increasing rate of HPV related oropharyngeal squamous cell carcinoma (OPSCC) and other HPV related cancers of the head and neck. To better understand cancer development and possible prevention of HPV related OPSCCs, as well as epidemiology of oral HPV and HPV related OPSCC, it is important to lay solid foundations for large scale studies. This study aims to establish a protocol for sample collection, DNA extraction, detection and genotyping of HPV in oral and urine samples from men. To achieve this we seek to compare two types of oral sample methods, oral rinse and buccal brush; optimising an extraction protocol for oral and urine samples; compare the analytic capabilities of two HPV detection and genotyping methods, Luminex and NGS; and to obtain a brief insight in the HPV prevalence of the study population. There were 138 men who have sex with men (MSM) included among patients seeking medical assistance at the sexual health clinic Olafiaklinikken in Oslo. Frome these we analysed 136 buccal brushes, 135 oral rinse and 98 urine samples. The HPV prevalence found with Luminex was: 2.94%, 4.45% and 17.34% for buccal brush, oral rinse and urine samples, respectively. With NGS the prevalence was: 8.09%, 6.66%, 17.34% for buccal brush, oral rinse and urine samples, respectively. Only 21% (4/19) of patients with a positive oral sample had the same genotype in both sample materials. The Cohen’s Kappa values for concordance between the two detection methods in the buccal brush, oral rinse and urine samples were, 0.31, 0.60 and 0.40 respectively. In all, the number of HPV positive samples in this study was too small to make any concise declarations. No sample material or detection method has been shown as clearly superior. However, there are indications of oral rinse as better suited sample material and NGS as a more sensitive detection method.nb_NO
dc.description.abstractHumant papillomavirus (HPV) kan forårsake ulike kreftformer og for livmorhalskreft er det funnet at viruset er nødvendig for utvikling av kreftformen. Kreft i hode-hals-regionen øker globalt, til tross for reduksjon av røykere. Denne økningen har blitt knyttet til økningen av HPV relatert plateepitelkarsinom i oropharynx og andre HPV relaterte kreftformer i hode-hals-regionen. For å få en bedre forståelse av kreftutvikling og mulige preventive tiltak for utvikling av HPV relatert kreft, samt epidemiologisk kjennskap til oral HPV og HPV relatert kreft, trengs det grunnleggende studier som kan tilrettelegge for større forskningsprosjekter. Dette studiet har som mål å etablere en protokoll for prøvetakning, DNA ekstraksjon, deteksjon og genotyping av HPV i oral og urin prøver fra menn. For å oppnå dette ønsker vi: å sammenligne to typer orale prøvetyper, munnskylleprøver og børsteprøve av kinnveggen; optimalisere en ekstraksjonsprotokoll for oral prøver; sammenligne de analytiske egenskapene til to HPV deteksjon og genotyping, Luminex og NGS; og å få et innblikk i HPV prevalensen i studiepopulasjonen. 138 menn som har sex med menn (MSM) ble rekruttert fra Olafiaklinikken i Oslo. Det ble totalt analysert 136 børsteprøver, 135 munnskylleprøver og 98 urinprøver. HPV-prevalensen med Luminex var 2.94%, 4.45% og 17,34% for hhv børsteprøver, munnskylleprøver og urinprøver. For NGS var tilsvarende prevalensen 8.09%, 6.66% og 17.34%. Kun 21% (4/19) av pasientene med positiv oralprøve hadde samme genotype i begge orale prøvematerialer. Cohen’s Kappa verdier for å måle overenstemmelse mellom de to deteksjonsmetodene var for børsteprøver, munnskylleprøver og urinprøver hhv 0.31, 0.60 og 0.40. Antallet HPV positive prøver i dette studiet var for få til å trekke sterke konklusjoner. Ingen av prøvematerialene eller deteksjonsmetodene er tydelig bedre enn den andre. Derimot ser vi indikasjoner til at munnskylleprøver er et bedre egnet prøvemateriale, og at NGS er en mer sensitive deteksjonsmetode.nb_NO
dc.description.sponsorshipDepartment of Microbiology and Infection Control ; The Norwegian national HPV reference laboratory ; Ahus ; Olafiaklinikkennb_NO
dc.language.isoengnb_NO
dc.publisherNorwegian University of Life Sciences, Åsnb_NO
dc.rightsAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internasjonal*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/deed.no*
dc.titleEvaluation and optimization of procedures for HPV detection and genotyping in oral and urine samples in mennb_NO
dc.typeMaster thesisnb_NO
dc.subject.nsiVDP::Teknologi: 500::Bioteknologi: 590nb_NO
dc.description.localcodeM-BIOTEKnb_NO


Tilhørende fil(er)

Thumbnail

Denne innførselen finnes i følgende samling(er)

Vis enkel innførsel

Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internasjonal
Med mindre annet er angitt, så er denne innførselen lisensiert som Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internasjonal