Substratposisjonering i kitinase A fra Serratia marcescens

Abstract

Målet med denne oppgaven har vært å finne hvilke aminosyrer som interagerer med substratet i -3 og +3 subsetet i ChiA og hvilken effekt de har. Det er spesielt interessant å se på om disse har innvirkning på substratposisjonering og bindingsstyrke. Seterettet mutagenese benyttes for å se hvilken betydning en spesifikk aminosyre i enzymets aktive sete har under degradering av et substrat.

Arg172 interagerer sterkt med OH i karbon 6 på sukkeret i -3 og N-acetylgruppene på sukkerenhetene i -2 og -4. Ved å mutere denne til glutamin (R172Q) og alanin (R172A) skal det undersøkes hvilken effekt R172 har på substratbinding og posisjonering. Lys399 i +3 har blitt identifisert som en mulig kandidat til å interagere med binding av substrat under hydrolyse. For å se hvilken effekt denne har på substratbindingsstyrke ble denne mutert til serin (K399S).