Identifisering og karakterisering av gener assosiert med fettsyresammensetningen i melk

Abstract

Sammendrag Selv om helseeffekten av melkekonsum er omdiskutert, består helmelk av en betydelig fraksjon mettede fettsyrer som i seg selv har vist seg å være forbundet med hjertesykdom og overvekt. Tidligere studier i Norsk Rødt Fe har påvist en rekke områder i genomet (QTLer) som påvirker fettsyresammensetningen i melk. To av de mest aktuelle områdene på henholdsvis kromosom 13 og kromosom 26 fra storfegenomet, ble valgt ut. Ved bruk av systematisk søk etter SNPer, genotyping av utvalgte markører, samt assosiasjonskartlegging i områdene, håpet man å finne individuelle gener og helst kausale mutasjoner assosiert med fettsyresammensetning i melk. Både enkelt-SNP-analyser og haplotypeanalyser tyder på at en polymorfisme i genet "nuclear receptor coactivator 6" (NCOA6) er ansvarlig for variasjonen korte fettsyrer syntetisert de novo på kromosom 13. Tidligere studier har plukket ut "acyl-CoA synthetase short-chain family member 2" (ACSS2) som det mest sannsynlige kandidatgenet for denne QTLen, noe data i denne oppgaven ikke viser. Ingen av de genotypede SNPene i NCOA6 viste seg å gi en åpenbar funksjonell endring i form av eksempelvis endret aminosyresammensetning. Videre studier er derfor nødvendig for om mulig å avklare om SNPene som er studert kan forårsake andre funksjonsendringer. På kromosom 26 ble det funnet svake og inkonsekvente signaler, noe som mest sannsynlig skyldes en kombinasjon av at de kausale mutasjoner segregerer i for lav frekvens, og at det eksisterer flere QTLer som kan påvirke egenskapene som er undersøkt. Det er derfor nødvendig å genere et større datamateriale for å med større nøyaktighet avdekke om QTL er reel og hva den eventuelt underliggende årsaken til en slik QTL kan være. Abstract The health effect of milk consumption is disputed, but milk does contain a significant amount of saturated fatty acids associated with heart disease and obesity. Earlier studies in Norwegian Red Cattle have identified a number of QTLs associated with milk fatty acid composition. Two of the most promising areas from chromosome 13 and 26 from the bovine genome were selected for further analysis, hoping to find individual genes and if possible causal mutations associated with milk fatty acid composition. The results of this thesis suggest that a polymorphism in the gene nuclear receptor coactivator 6 (NCOA6) is responsible for observed variation in short chain fatty acids synthesized de novo on chromosome 13. Earlier studies have pointed out acyl-CoA synthetase short-chain family member 2 (ACSS2) as a candidate in the area, but results in this thesis do not support this. None of the examined SNPs were identified as obvious causal mutations, and further study is needed to examine the cause of the variation. On chromosome 26, weak and inconsistent signals were found. Further studies where larger datasets is utilized is probably needed to resolve if the QTLs observed were real and what the underlying cause might be.