Mapping of sex-determining candidate genes in Atlantic salmon (Salmo Salar)

Abstract

Salmo salar (atlantisk laks) er en viktig økonomisk art og er også av interesse innen forskning på grunn av at den er tetraploid. Kromosom 2 og 3 er bevist å være de kjønns-bestemmende kromosomene I atlantisk laks. Målet med denne oppgaven var å kartlegge gener assossoiert med kjønns-bestemmelse til disse kromosomene. Totalt 65 kandidatgener ble samlet fra artikler som omhandler kjønns-bestemmelse og søkt opp mot Salmon UniGene Build database og Salmon Arachne 1.96x assembliet ved hjelp av BLAST. En SNP deteksjon ble utført, fulgt opp av en genotyping av SNPene. 29 av genene ble kartlagt enten ved hjelp av two-point linkage kartlegging eller ved kartlegging gjort med hjelp av BLAST mot Salmon Celerea 3.1x assembliet som inneholder scaffold med markører som genene blir kartlagt til. Av disse genene, ble AM-DSX og RBP1 kartlagt til kromosom 3, mens BRD3 ble kartlagt til kromosom 2. FOXL2-genet ble kartlagt til kromosom 14, som er en paralog til kromosom 3. Disse fire genene kan bli sett på som faktorer involvert i kjønns-bestemmelse i atlantisk laks basert på deres funksjon og plassering, mens resten av genene kartlagt i denne oppgaven kan bli avskrevet som gener involvert i kjønnsbestemmelse i atlantisk laks.