dc.contributor.advisor | Lindeman, Leif Christopher | |
dc.contributor.advisor | Aleström, Peter | |
dc.contributor.author | Ballangby, Jarle | |
dc.date.accessioned | 2019-01-27T14:38:43Z | |
dc.date.available | 2019-01-27T14:38:43Z | |
dc.date.issued | 2018 | |
dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11250/2582471 | |
dc.description.abstract | The thesis is a part of a Centre of Excellence Centre for Environmental Radioactivity (CoE CERAD) project, focusing on trans-generational studies of low-dose gamma-irradiation using zebrafish as a model organism. As a part of the epigenetic toolbox, Assay for Transposase-Accessible Chromatin (ATAC-seq) is established using a known epigenetic inhibitor (Ezh2i), PF-06726304 acetate, in a pilot study with the hypothesis that PF-06726304 acetate would induce a decline in H3K27me3 marks in chromatin, correlated with condensed chromatin and silent genes.
Subgoals were to establish methods for manual dechorionation and protocols for enzymatic dechorionation, establish methods for ATAC-seq library generation and clean-up, and establish a bioinformatic pipeline for preliminary ATAC-seq analysis. The ATAC-seq results from the treatment of PF-06726304 were validated with Western Blot and Chromatin Immunoprecipitation.
The thesis shows that low-dose exposure to the Ezh2 inhibitor, PF-06726304 acetate, indeed induces chromatin reorganization. Our results suggest that a GUI tool for the Analysis and Visualization of ATAC-seq data (GUAVA) can be used as a primary dataset analysis tool, but that more thorough post-analysis is necessary. | nb_NO |
dc.description.abstract | Denne oppgaven er en del av et prosjekt under Senter for radioaktivitet, mennesker og miljø (SFF CERAD), med fokus på transgenerasjonsstudier av lavdose gamma-bestråling ved bruk av sebrafisk som modellorganisme. Som en del av den epigenetiske verktøykassen er metoden, «Assay for Transposase-Accessible Chromatin (ATAC-seq)» etablert ved bruk av en kjent epigenetisk inhibitor (Ezh2i), PF-06726304 acetat, i en pilotstudie med hypotesen om at PF-06726304 acetat ville indusere en nedgang i H3K27me3 i kromatin, som har sammenheng med pakket sammen kromatin og inaktive gener.
Delmål for oppgaven var å etablere en metode for manuell dechorionering, samt å etablere en metode for mer robust enzymatisk dechorionering, etablere metoder for rensning av ATAC-seq bibliotek, og etablere bioinformatisk nedstrømsanalyse for ATAC-seq analyse. ATAC-seq resultatene etter eksponering med PF-06726304 ble validert med Western Blot and Kromatin Immunopresipitering.
Oppgaven viser at eksponering med lav dose til Ezh2-inhibitoren, PF-06726304 acetat, faktisk promoterer kromatinomorganisering. Resultatene tyder på at et GUAVA, som er et verktøy med grafisk brukergrensesnitt for analyse og visualisering av ATAC-seq-data (GUAVA) kan brukes som et foreløpig analyseverktøy, men at en grundigere analyse i etterkant er nødvendig. | nb_NO |
dc.language.iso | eng | nb_NO |
dc.publisher | Norwegian University of Life Sciences, Ås | nb_NO |
dc.rights | Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internasjonal | * |
dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/deed.no | * |
dc.subject | Epigenetics | nb_NO |
dc.subject | Epigenetikk | nb_NO |
dc.title | Chromatin accessibility after inhibition of enhancer of zeste homolog 2 (Ezh2) in zebrafish embryos | nb_NO |
dc.title.alternative | Kromatintilgjengelighet etter inhibering av enhancer of zeste homolog 2 (Ezh2) i sebrafish embryo | nb_NO |
dc.type | Master thesis | nb_NO |
dc.source.pagenumber | 50 | nb_NO |
dc.description.localcode | M-BIOTEK | nb_NO |